Tenho uma cota de bolsa de Iniciação Científica oferecida pela Escola de Ciências e Tecnologia para o plano de trabalho “FFFit: biblioteca Python para parametrização de campos de força por aprendizado de máquina”.
Atividades a serem desenvolvidas
O/A bolsista trabalhará na adequação e refatoramento do programa FFFit, desenvolvido na ECT, implementando as seguintes melhorias
- Otimização do uso de programação paralela em Python (
multiprocessing) na execução de programas externos - Aplicação de
MPIpara processamento paralelo de alto desempenho, empython, a fim de otimizar a execução do programa em supercomputadores como o NPAD—UFRN e o SDumont. - Implementar e otimizar interfaces do FFFit com outros softwares como o LAMMPS, GROMACS e ASE
- Realizar benchmarks e profiling do código a fim de identificar e corrigir gargalos de desempenho.
- Paralelamente, executar testes do código, parametrizando um conjunto de moléculas no campo de força CGenFF.
O programa FFFit é uma ferramenta (open source) de parametrização de campos de força granulados voltados ao estudo da interação entre nanotubos de carbono e polímeros conjugados em ambientes hidrofóbicos. Para este fim, o código consiste em algoritmos de otimização de múltiplos parâmetros, como Otimização por enxame de partículas, Algoritmos genéticos etc.
Competências e habilidades:
Durante as atividades, espera-se que o bolsista desenvolva ou refine as seguintes habilidades:
- Programação em Python (versão 3), com suporte às bibliotecas NumPy,
mpi4py,multiprocessingetc. - Programação em Shell Script (Bash)
- Operação de computadores com sistema operacional Linux, individuais, em rede e em cluster
- Opeação de sistemas de versionamento baseados em
git, como GitHub e GitLab - Desenvolvimento de algoritmos de optimização
- Fundamentos de física computacional de materiais dinâmica molecular
- Operação dos pacotes de dinâmica molecular Gromacs e LAMMPS, bem como aplicativos associados como VMD e Pymol
- Organização pessoal e de projetos e comprimentimento com prazos.
- Boa comunicação escrita.
Embora o domínio de nenhuma dessas habilidades seja imprescindível no momento da seleção do bolsista, quem se candidatar deve mostrar disposição em desenvolvê-las ao longo da vigência da bolsa e se espera que haja avanço em cada um desses aspectos ao final da execução do plano de trabalho.
Detalhes
- Inscrições até sexta 03/setembro/2021 entrevistas no sábado 04/set.
- Valor da bolsa: R$400,00
- Vigência do plano de trabalho: setembro de 2021 a julho de 2022 (bolsa garantida entre setembro e dezembro de 2021, parcelas referentes ao ano de 2022 dependem de orçamento a ser definido)
- A bolsista deve estar regularmente matriculado em cursos de gradação da UFRN durante a vigência da bolsa
Como se inscrever
Preecha o Formulário do Google, fazendo login com seu e-mail da UFRN.
Pelo SIGAA, escolha a opção de “manifestar interesse em plano de trabalho”, no menu de “Pesquisa” e procure o plano de trabalho contendo “FFFit” no título, ou busque pelo nome do orientador “Elton José Figueiredo de Carvalho” e manifeste interesse no plano de trabalho.
O contato será realizado por e-mail no sábado 04 de setembro. Certifique-se de que você tem uma conta bancária válida cadastrada no SIGAA, já que as indicações devem ser feitas até dia 05/09.
Documentos
Plano de trabalho IC 2021.2
Projeto de Pesquisa: Parametrização